Bredo Berntsen var i årene 1892-94 elev hos arkitekt Carl Wilhelm von Hanno (sønn av Wilhelm von Hanno) og elev ved SHKS 1894-1900, da han også var assistent ved arkitekt Harald Olsens kontor. For Harald Olsen utformet han lysgården i Glasmagasinets nybygg (1899).

Berntsen ble assistent ved Stadsarkitektens kontor i Kristiania i 1900, der han ble til 1915. I denne perioden ledet han oppføringen av flere bygg, som Majorstuen skole (1908, sammen med Kristofer Lange), tilbygget til Frognerseteren (1909, arkitekt Balthazar Lange), og Ullevålsveien skole (1911-12, bygget etter Berntsens tegninger, nordisk nybarokk).

I denne perioden utformet han også de første bygg i armert betong i Norge; Lauritsen og Sørensens Tricotagefabrik "Lasør" (1910-13, Brinken 30) og Vippetangens kornsilo (1912-13, nordisk nybarokk). Han tegnet også Rytterager-villaen (Ogmunds vei 6, Aker, 1911) i denne perioden.

Bredo Berntsen etablerte sitt eget arkitektkontor i Kristiania i 1915. I 1916 utformet han en administrasjonsbygning og en lagerbygning for Erik Ruuds Mekaniske verksted (Grefsenveien 52), og samme år begynte byggingen av hans viktigste arbeid - det monumentale Havnelageret i Bjørvika (ferdig 1920, nordisk nybarokk). Havnelageret var Europas største betongbygg (noe endret ved restaurering 1982-85). Berntsen ledet ombyggingen av Bøndernes Bank (1918), utvidet Nydalens Bruks valseverksbygning (1917), tegnet villaen i Sørkedalsveien 28 (1917, nordisk nybarokk, revet) og utformet Heggedal fabrikker (1921, nordisk nybarokk).

I årene 1919-23 arbeidet Berntsen i kompaniskap med arkitekt Johannes Kløften, under firmanavnet Berntsen & Kløften. De utførte blant annet Villa Gehri i Rosendalsveien 20 (Aker, 1920), et lagerbygg i Kingos gate 10 (1921) og byggemeldte Den norske Amerikalinjes lager og ekspedisjonsbygg i Bjørvika (1923, fullført av Berntsen 1925). Bjølsen Valsemølle ble utformet av Berntsen (1924), men de samarbeidet også senere ved enkeltprosjekter.

Iløpet av 1920-årene fikk Berntsens bygninger et funksjonalistisk stiluttrykk, som Oslo lysverkers verksted- og lagerbygning (1926-31), Oslo kommunes fiskehall (1923-33, Berntsen & Kløften) og Kongens gate 16 (1934). Sammen med arkitekt Hans Siegwart Fürst utformet Bernsten boligkomplekset i Observatorie terrasse 15 (1936) og Drammensveien 54b og 56b (1937).